Hovedorglet

Kirkens første orgel blev bygget af firmaet Andreasen, Ringkøbing. Allerede i 1909 blev det udskiftet med et større med 20 stemmer, leveret af orgelbyggerfirmaet A.C. Zachariassen, Århus. Anskaffelsessummen på 6.200 kr. blev hovedsageligt indsamlet af organist N. Andersen gennem afholdelse af kirkekoncerter. 
Ved restaureringen i 1958 blev det besluttet at anskaffe et nyt orgel. Det gamle var kassabelt efter mere end 50 års brug. Der blev indhentet tilbud fra forskellige kendte orgelbyggerfirmaer og man accepterede tilbuddet fra Frederiksborg Orgelbyggeri v/Troels Krohn, Hillerød.
Der gik nogle år, inden man kunne igangsætte orgelbyggeriet, da luftfugtigheden i kirkerummet var for høj pga. den omfattende restaurering der var igang. Først efter ca, tre års forløb var luftfugtigheden normaliseret og d. 7. maj 1961 blev det nye sløjfeladeorgel på 32 stemmer indviet.

Ombygning og nyt pulpitur

I 1981 blev der foretaget reparation og en delvis ombygning samt fuldstændig om-intonering ved orgelbyggerfirmaet Marcussen & Søn, Aabenraa.

Fra januar 1998 til april 1999 gennemgik orglet en kraftig og nødvendig indvendig renovering, ligeledes ved firmaet Marcussen & Søn.

Pedaltårnene blev flyttet til bagvæggen og gulvet forlænget med 40 cm ind i kirkerummet. Tidligere var der en snæver plads til højst ti korsangere omkring organisten. Nu kan pulpituret rumme hele Sct. Peders Koncertkor på 50 medlemmer.

Efter renoveringen har orglet fået mange nye muligheder. Først og fremmest består disse i, at organisten forud for sit spil kan programmere de forskellige klangvirkninger, der ønskes benyttet i den fremførte musik. Hvor det tidligere var nødvendigt at have en eller to hjælpere (registranter), kan organisten nu selv aktivere de forskellige klange under spillet.

Ramus-orglet

Orglet, der blev taget i brug i Sct Peders Kirke den 7. april 2013, blev bygget af orgelbygger H. Ramus i midten af 1800-tallet. I 1870 blev det skænket til Dråby Kirke ved Jægerspris af selveste grevinde Danner. Da orglet imidlertid er relativt lille (5 stemmer) og Dråby Kirke er en stor landsbykirke, har man haft behov for et større orgel og samtidigt foræret Ramus-orglet til Sct. Peders Kirke. Orglet har nu gennemgået en omfattende restaurering udført af orgelfirmaet Marcussen & Søn, som også har bygget kirkens hovedorgel. En fond, Johan Otto Wroblewskis Fond, hvis formål er at give støtte til bevaringsværdige orgler, har doneret ca 400.000 kr til dette restaurerings-arbejde, således at orglet nu fremtræder både visuelt og klangligt på smukkeste måde.